Jak przygotować firmę do kontroli skarbowej? Lista dokumentów na 2026 rok

Jak przygotować firmę do kontroli skarbowej? Lista dokumentów na 2026 rok

Kontrola skarbowa to sprawdzenie, czy Twoja firma prawidłowo rozlicza podatki i prowadzi dokumentację. Możesz przejść ją spokojnie, jeśli znasz swoje prawa, obowiązki oraz zawczasu uporządkujesz księgi i pliki JPK. W tym poradniku dostajesz praktyczną listę dokumentów i plan działania krok po kroku.

Co to jest kontrola skarbowa i kiedy urząd ją rozpoczyna?

Kontrola skarbowa (kontrola podatkowa) sprawdza, czy wywiązujesz się z obowiązków wynikających z przepisów podatkowych. Rozpoczyna się po doręczeniu upoważnienia oraz okazaniu legitymacji służbowej, zwykle po wcześniejszym zawiadomieniu o zamiarze wszczęcia kontroli.

Podstawy prawne kontroli skarbowej

Procedury kontroli podatkowej reguluje głównie Ordynacja podatkowa. Zasady kontroli działalności gospodarczej określa ustawa Prawo przedsiębiorców. Kontrola celno-skarbowa prowadzona przez Krajową Administrację Skarbową opiera się na odrębnej ustawie o KAS.

Etapy typowej kontroli podatkowej

  1. Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli, chyba że przepisy przewidują wyjątek.
  2. Wszczęcie kontroli przez doręczenie upoważnienia i okazanie legitymacji kontrolerów.
  3. Czynności kontrolne w siedzibie firmy, biurze rachunkowym lub urzędzie.
  4. Sporządzenie i doręczenie protokołu kontroli.
  5. Ewentualne postępowanie podatkowe i decyzja, jeśli wykryto nieprawidłowości.

Terminy rozpoczęcia kontroli po zawiadomieniu

Kontrolę podatkową wszczyna się nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia. Wcześniejsze rozpoczęcie jest możliwe tylko za Twoją zgodą. Od 2025 roku zawiadomienie powinno zawierać wstępną listę dokumentów, których organ oczekuje w trakcie kontroli.

Jakie masz prawa i obowiązki podczas kontroli skarbowej?

Masz obowiązek udostępnić dokumenty i umożliwić przeprowadzenie kontroli. Jednocześnie przysługują Ci konkretne prawa, w tym prawo do pełnomocnika, informacji i zgłaszania zastrzeżeń do ustaleń organu.

Twoje podstawowe obowiązki wobec urzędu

  • udostępnienie dokumentów i danych niezbędnych do prowadzenia kontroli,
  • stawiennictwo osobiste lub przez pełnomocnika na wezwanie organu,
  • udzielanie wyjaśnień, odpowiedzi na pytania kontrolerów oraz składanie oświadczeń,
  • zapewnienie miejsca do pracy kontrolerom i dostępu do systemów księgowych.

Twoje najważniejsze prawa jako kontrolowanego

  • prawo do wcześniejszego zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, z wyjątkami z ustawy,
  • prawo do działania przez pełnomocnika i do obecności przy czynnościach kontrolnych,
  • prawo wglądu w akta sprawy oraz sporządzania z nich notatek i kopii,
  • prawo zgłoszenia zastrzeżeń do protokołu kontroli w terminie 14 dni od doręczenia.

Reprezentacja przez Progress Holding podczas kontroli

Możesz ustanowić pełnomocnika, który będzie reprezentował Twoją firmę przed urzędem. W Progress Holding przygotowujemy pełnomocnictwa, prowadzimy korespondencję z organem i uczestniczymy w czynnościach kontrolnych. Dla cudzoziemców wyjaśniamy wszystkie działania w prosty sposób, także po angielsku, tak aby kontrola była zrozumiała i przewidywalna.

Jakie dokumenty księgowe trzeba przygotować do kontroli skarbowej?

Podstawą są księgi podatkowe lub rachunkowe, faktury, deklaracje podatkowe oraz wyciągi bankowe. Dodatkowo przygotuj umowy, dokumenty magazynowe, listy płac i ewidencje środków trwałych – w zależności od zakresu kontroli.

Lista podstawowych dokumentów – kontrola ogólna

Obszar rozliczeń Przykładowe dokumenty
Księgi i ewidencje KPiR lub księgi rachunkowe, ewidencje przychodów, polityka rachunkowości, plan kont.
VAT i sprzedaż Rejestry VAT, pliki JPK_V7, raporty z kasy fiskalnej, ewidencje sprzedaży, faktury sprzedaży.
Zakupy i koszty Faktury kosztowe, umowy z dostawcami, protokoły odbioru, dokumenty kosztów delegacji.
Podatek dochodowy Zeznania PIT lub CIT, zaliczki, ewidencje środków trwałych, amortyzacja, dokumenty kredytów.
Bank i kasa Wyciągi bankowe, raporty kasowe, dowody wpłat i wypłat, umowy rachunków bankowych.
Pracownicy i ZUS Umowy o pracę i zlecenia, listy płac, deklaracje ZUS DRA, przelewy składek.
Kontrakty i logistyka Umowy z kontrahentami, zamówienia, WZ, listy przewozowe, dokumenty eksportu i WDT.

Dodatkowe dokumenty przy kontroli VAT

  • rejestry VAT sprzedaży i zakupu z okresu objętego kontrolą,
  • pliki JPK_V7M lub JPK_V7K oraz ewentualne korekty tych plików,
  • potwierdzenia dostaw, dokumenty transportowe, potwierdzenia wywozu w eksporcie i WDT,
  • dowody zapłaty przy transakcjach z podmiotami podwyższonego ryzyka branżowego.

Dodatkowe dokumenty przy kontroli podatku dochodowego

  • ewidencja środków trwałych i wartości niematerialnych, dokumenty zakupu i sprzedaży,
  • umowy pożyczek, kredytów, gwarancji i poręczeń wraz z harmonogramami spłat,
  • dokumentacja cen transferowych, jeśli masz transakcje z podmiotami powiązanymi,
  • zestawienia rozliczeń odpisów aktualizujących, rezerw i różnic kursowych.

Dokumenty pracownicze i ZUS

  • umowy o pracę, kontrakty menedżerskie, umowy zlecenia i o dzieło,
  • akta osobowe pracowników, regulaminy wynagradzania i premiowania,
  • listy płac, karty wynagrodzeń, potwierdzenia przelewów wynagrodzeń,
  • deklaracje i raporty ZUS, potwierdzenia opłacenia składek.

Jak Progress Holding pomaga skompletować dokumenty

Po otrzymaniu zawiadomienia przygotowujemy dla Ciebie spersonalizowaną listę dokumentów do kontroli. Sprawdzamy spójność ksiąg, deklaracji i wyciągów bankowych, zanim zobaczą je kontrolerzy. Dzięki temu ryzyko przykrych niespodzianek podczas kontroli znacząco spada.

Jak przygotować dokumenty elektroniczne i pliki JPK na kontrolę?

Jeśli prowadzisz księgowość elektronicznie, urząd może żądać przekazania plików w formacie JPK. Musisz być gotów wygenerować je z systemu księgowego i przekazać w sposób uzgodniony z organem.

Jakie pliki JPK może zażądać urząd skarbowy?

Jednolity Plik Kontrolny obejmuje kilka struktur, w tym JPK_V7 przesyłany cyklicznie. Na żądanie organ może poprosić o JPK_KR, JPK_WB, JPK_MAG, JPK_FA, JPK_FA_RR, JPK_PKPIR lub JPK_EWP. Te pliki generujesz bezpośrednio z programu księgowego w formacie XML.

Standardy przygotowania danych elektronicznych

  • zapewnij spójność numeracji dokumentów między księgami, rejestrami VAT i plikami JPK,
  • przygotuj opis struktury Twojego systemu księgowego i powiązań kont,
  • sprawdź, czy masz archiwum plików JPK oraz potwierdzenia ich wysyłki,
  • ogranicz dostęp do eksportu danych tylko do osób odpowiedzialnych za kontakt z urzędem.

Wsparcie Progress Holding przy JPK i systemach

W Progress Holding testujemy poprawność plików JPK jeszcze przed ich przekazaniem organom. W razie potrzeby pomagamy Ci przejść na system, który spełnia aktualne wymagania Ministerstwa Finansów. Dla cudzoziemców tłumaczymy wymagania techniczne na prosty język i uzgadniamy bezpieczny sposób przekazywania danych.

Jak krok po kroku przygotować firmę na przyjście kontrolerów?

Najlepiej potraktować zawiadomienie o kontroli jak projekt z jasnym planem. Podziel przygotowania na kilka prostych etapów, przypisz odpowiedzialne osoby i kontroluj postęp prac.

Plan działania po otrzymaniu zawiadomienia

  1. Przeczytaj dokładnie zakres kontroli, wskazany okres i rodzaj podatku.
  2. Wyznacz osobę odpowiedzialną za kontakt z kontrolerami i obieg dokumentów.
  3. Skontaktuj się z Progress Holding, aby omówić ryzyka i harmonogram przygotowań.
  4. Sprawdź deklaracje i JPK za okres objęty kontrolą, rozważ korekty przed wszczęciem.
  5. Skompletuj dokumenty zgodnie z wstępną listą z zawiadomienia i naszą check-listą.
  6. Przygotuj stanowisko pracy dla kontrolerów oraz dostęp do systemów księgowych.

Check-lista organizacyjna na dzień rozpoczęcia kontroli

  • lista osób upoważnionych do reprezentowania firmy przed urzędem,
  • aktualne pełnomocnictwa dla Progress Holding w formie papierowej lub elektronicznej,
  • rejestr przekazanych dokumentów i kopii wydanych kontrolerom,
  • wewnętrzne instrukcje, kto może rozmawiać z kontrolerami i w jakim zakresie.

Jak zachowywać się podczas kontroli

Warto, aby komunikacja z organem odbywała się przez jedną odpowiedzialną osobę. Na trudniejsze pytania możesz poprosić o czas i odpowiedzieć pisemnie po konsultacji z nami. Notuj ustne ustalenia i proś o potwierdzenie ważnych kwestii w protokole lub korespondencji.

Jak długo może trwać kontrola skarbowa w 2026 roku?

Czas trwania wszystkich kontroli jednego organu u przedsiębiorcy w roku jest ograniczony. Zależy od wielkości firmy, zgodnie z ustawą Prawo przedsiębiorców.

Limity czasu kontroli według wielkości przedsiębiorcy

Typ przedsiębiorcy Maksymalny łączny czas kontroli w roku
Mikroprzedsiębiorca 12 dni roboczych
Mały przedsiębiorca 18 dni roboczych
Średni przedsiębiorca 24 dni robocze
Inni przedsiębiorcy 48 dni roboczych

Kiedy limity mogą nie mieć zastosowania?

Prawo przewiduje wyjątki, na przykład w sprawach związanych z przestępstwami lub przestępstwami skarbowymi. Wyłączenia mogą także wynikać z przepisów unijnych lub umów międzynarodowych. Jeśli organ powołuje się na wyjątek, poproś o wskazanie konkretnej podstawy prawnej na piśmie.

Jak reagować na zbyt długą kontrolę?

Gdy masz wrażenie, że kontrola trwa zbyt długo, sprawdź sumę dni z protokołów. Możesz zwrócić się do naczelnika urzędu z wnioskiem o przestrzeganie limitów ustawowych. W spornych sytuacjach warto skonsultować sprawę z doradcą oraz – jeśli to uzasadnione – z Rzecznikiem Małych i Średnich Przedsiębiorców.

Czym różni się kontrola podatkowa od kontroli celno-skarbowej KAS?

Kontrola podatkowa prowadzona jest co do zasady przez urząd skarbowy na podstawie Ordynacji podatkowej. Kontrola celno-skarbowa jest prowadzona przez Krajową Administrację Skarbową i ma szersze uprawnienia, obejmujące także cło, akcyzę i zwalczanie oszustw podatkowych.

Kontrola podatkowa urzędu skarbowego

Organ podatkowy zwykle zawiadamia Cię o zamiarze wszczęcia kontroli przed jej rozpoczęciem. Celem jest sprawdzenie, czy prawidłowo rozliczasz podatki według Ordynacji podatkowej. Kontrola kończy się protokołem, który może, ale nie musi, prowadzić do wszczęcia postępowania podatkowego.

Kontrola celno-skarbowa prowadzona przez KAS

Kontrolę celno-skarbową prowadzą naczelnicy urzędów celno-skarbowych na podstawie ustawy o KAS. Często dotyczy branż szczególnie narażonych na nadużycia, na przykład obrotu paliwami, elektroniką, e-commerce lub wyrobami akcyzowymi. Uprawnienia funkcjonariuszy są szersze, a kontrola może rozpocząć się bez wcześniejszego zawiadomienia.

Jak przygotować się na kontrolę KAS?

W przypadku kontroli celno-skarbowej szczególnie ważna jest dobra dokumentacja logistyki i łańcucha dostaw. Przygotuj umowy z przewoźnikami, dokumenty transportowe, potwierdzenia odpraw celnych i rozliczenia akcyzy. Progress Holding pomaga przeanalizować ryzyko w tych obszarach i przygotować firmę na bardziej wymagającą kontrolę.

Jak to wygląda w praktyce? Doświadczenie Progress Holding

Od wielu lat prowadzimy obsługę księgową i doradczą dla polskich firm oraz cudzoziemców prowadzących biznes w Polsce. Na podstawie analizy ponad 300 kontroli i setek wezwań do urzędów widzimy powtarzalne schematy błędów. Te doświadczenia przekładamy na praktyczne procedury przygotowania do kontroli.

Nasze doświadczenie w kontrolach podatkowych

Najczęściej wspieramy klientów w kontrolach VAT, CIT lub PIT oraz w kontrolach krzyżowych. Przygotowujemy firmę do przekazania ksiąg, plików JPK i dokumentów handlowych w spójny sposób. Dzięki temu kontrolerzy dostają uporządkowany materiał, a rozmowa skupia się na merytoryce, a nie na chaosie w dokumentach.

Najczęstsze błędy, które widzimy przed kontrolą

  • brak wstępnego audytu deklaracji i JPK przed przyjściem kontrolerów,
  • niespójność między fakturami, księgami, JPK i wyciągami bankowymi,
  • niepodpisane umowy lub rozliczenia oparte wyłącznie na korespondencji e-mail,
  • brak dokumentów potwierdzających realność transakcji z kontrahentami zagranicznymi,
  • niejasny podział odpowiedzialności w firmie oraz brak wyznaczonej osoby kontaktowej.

Jak wygląda współpraca z Progress Holding przy kontroli

Zaczynamy od krótkiej analizy zawiadomienia i dotychczasowych rozliczeń. Następnie przygotowujemy listę dokumentów, plan komunikacji z urzędem i podział zadań w Twojej firmie. Na końcu pomagamy w rozmowach z kontrolerami i przy formułowaniu zastrzeżeń do protokołu, jeśli wymaga tego sytuacja.

Najczęściej zadawane pytania

Poniżej znajdziesz krótkie odpowiedzi na pytania, które przedsiębiorcy najczęściej zadają przed kontrolą skarbową. Każde możesz potraktować jako samodzielną ściągę dla Twojej firmy.

Czy muszę wpuścić kontrolera bez wcześniejszego zawiadomienia?

Co do zasady urząd powinien wcześniej zawiadomić o zamiarze wszczęcia kontroli. Istnieją jednak wyjątki, na przykład przy podejrzeniu przestępstwa lub w określonych sytuacjach VAT. Zawsze poproś o okazanie legitymacji i upoważnienia, zanim udostępnisz dokumenty.

Czy mogę skorygować deklaracje po otrzymaniu zawiadomienia?

Tak, do czasu wszczęcia kontroli nadal możesz korygować deklaracje. Pamiętaj jednak, że przepisy różnicują wysokość odsetek w zależności od momentu korekty. Warto skonsultować korekty z doradcą, aby uniknąć dodatkowych sporów.

Czy kontrola może odbywać się zdalnie, na podstawie plików elektronicznych?

Tak, urząd coraz częściej analizuje dane na podstawie przekazanych plików JPK i skanów dokumentów. Kontrolerzy mogą fizycznie przyjechać do Twojej firmy, ale znaczną część pracy wykonują w urzędzie. Dlatego jakość danych w systemie księgowym ma tak duże znaczenie.

Czy cudzoziemiec może wyznaczyć polskiego pełnomocnika do kontroli?

Tak, przedsiębiorca będący cudzoziemcem może ustanowić pełnomocnika do spraw podatkowych. Pełnomocnika zgłaszasz do urzędu, najczęściej elektronicznie albo na odpowiednim formularzu. W Progress Holding przejmujemy rolę takiego pełnomocnika i prowadzimy komunikację z urzędem w Twoim imieniu.

Co zrobić, jeśli nie mam wszystkich dokumentów, o które prosi urząd?

Nie zatajaj tego, tylko wyjaśnij sytuację kontrolerowi na piśmie. Poproś kontrahenta, bank lub inne instytucje o duplikaty dokumentów. Możemy pomóc przygotować wyjaśnienia i ustalić realny termin uzupełnienia braków.

Czy kontrola zawsze kończy się decyzją podatkową?

Kontrola podatkowa kończy się protokołem, który opisuje ustalenia kontrolerów. Jeśli urząd nie stwierdzi istotnych nieprawidłowości, postępowanie może się na tym zakończyć. Decyzja podatkowa pojawia się dopiero w odrębnym postępowaniu, gdy organ uzna to za konieczne.

Najważniejszy wniosek jest prosty: im lepiej przygotujesz dokumenty i procedury, tym spokojniej przejdziesz kontrolę skarbową. Nie musisz robić tego sam – możesz skupić się na biznesie, a kwestie podatkowe powierzyć specjalistom. Potrzebujesz profesjonalnego wsparcia? Skontaktuj się z nami w Progress Holding pod numerem +48 603 232 418 lub mailowo office@progressholding.pl.

🚀Progress Holding – Biuro rachunkowe w Polsce
Od rejestracji spółki po księgowość.

Pomagamy cudzoziemcom w zakładaniu i prowadzeniu firm w Polsce.
Oferujemy kompleksową obsługę księgową, doradztwo podatkowe i pełne wsparcie w formalnościach.
Skup się na swoim biznesie – my zajmiemy się resztą.

⏰ Odpowiadamy w ciągu 24h | 🏆 Zaufało nam już 500+ firm